Au cours de la Révolution Française, les bâtiments et notamment le cloître et ses éléments décoratifs, ont subi d’importantes dégradations; seule la partie inférieure de la galerie occidentale du cloître est demeurée intacte. Les déprédations ont été si sévères qu’aujourd’hui encore, ni les dimensions originelles du cloître ni son élévation n’ont pu être établies avec certitude.

Au début du XIXe siècle, les bâtiments monastiques furent utilisés comme filature de coton, puis comme tannerie, jusqu’à ce qu’ils soient vendus à un maçon qui les exploita comme carrière pendant de nombreuses années.

Vers 1830, des éléments du décor sculpté et d’autres fragments de Saint-Guilhem-le-Désert ont refait surface dans le voisinage immédiat de l’abbaye. Un juge de paix du village voisin d’Aniane, M. Pierre-Yon Vernière, commença à faire l’acquisition de ces objets qu’il rassembla dans son jardin. Là, les éléments sculptés firent office d’ornements de jardin et de supports pour sa pergola. En 1906, cette collection fut vendue et devint la propriété de George Grey Barnard, qui la revendit en 1925 au Metropolitan Museum of Art de New-York. Dans cet ensemble, 166 éléments sculptés proviennent de Saint-Guilhem-le-Désert. La majorité de ces pièces appartenaient à l’origine au cloître supérieur de Saint-Guilhem-le-Désert. Ils font partie intégrante de la « Galerie Saint-Guilhem » du musée des Cloitres, depuis son ouverture à son emplacement actuel, en 1938.